De acordo com o n.º 1 do artigo 19.º da Lei n.º 66-B/2007, de 28 de dezembro, em cada ministério podem ser seleccionados os serviços que mais se distinguiram no seu desempenho para atribuição da distinção de mérito, reconhecendo o desempenho excelente até 20% dos serviços que o integram ou estão sob sua superintendência. 

A avaliação foi executada com base na análise crítica dos Quadros de Avaliação e Responsabilização (QUAR) das instituições e na informação adicional constante da autoavaliação que integra o Relatório de Atividades de cada uma delas, tendo merecido a concordância do Secretário de Estado Adjunto do Ministro da Saúde através de despacho datado de 8 de novembro de 2011.

Menção de Excelente:

• Direção-Geral da Saúde (pontuação de 7,1);
• Infarmed - Autoridade Nacional do Medicamento e Produtos de Saúde, IP (pontuação de 7,1);
• SG - Secretaria-Geral do Ministério da Saúde (pontuação de 7,0).